Tempat misterius di Jepang adalah lokasi yang diselimuti legenda, cerita rakyat, dan peristiwa yang tidak dapat dijelaskan. Tempat-tempat ini menarik perhatian para penjelajah, penggemar misteri, dan mereka yang mencari pengalaman supranatural.
Banyak tempat misterius di Jepang yang memiliki sejarah panjang dan dikaitkan dengan legenda dan cerita rakyat. Misalnya, Hutan Aokigahara di kaki Gunung Fuji terkenal sebagai tempat bunuh diri, dan konon dihuni oleh arwah mereka yang telah meninggal. Kastil Himeji adalah salah satu kastil paling terkenal di Jepang, dan dikatakan berhantu oleh roh seorang putri yang dibunuh di dalam temboknya.